曾经与历代假面骑士作战的邪恶秘密结社"修卡"，在得到神秘魔法力量后，成为了势力足以扩张到外太空的"宇宙修卡"。为了实现征服宇宙的目标，这群恶徒将目光锁定在地球之上。与此同时，假面骑士Wizard和假面骑士Beast遭到宇宙刑事卡邦typeG的袭击。战斗过程中，双方化解误会，解除变身状态，随后操真晴人(Wizard)从十文字击(卡邦)那里得悉令人震惊的事实:魔法之力在宇宙各个角落流窜，引起接二连三的混乱，地球乃至全宇宙都处在灭亡的边缘。为了平息当前的危机，银河联邦警察计划用超次元炮将被看作一切混乱的发生地地球摧毁。灭亡的时刻正在逼近，操真、十文字匆忙奔走，期间得到了兽电战队强龙者等正义战士的协助。另一方面，特命战队Go Busters的各位发现了一台小型机器人，它似乎与宇宙修卡有着千丝万缕的联系。而本应被宇宙刑事夏利邦消灭的宇宙犯罪组织马多，似乎又借尸还魂，若隐若现。攸关地球乃至全宇宙存亡的大危机，正义的战士能否力挽狂澜?!