主要围绕小泡泡们和小精灵们经历重重磨难、最终唤醒小贝壳们，并共同拯救海洋世界展开。上一季，小泡泡们和小贝壳们凭借团结、友情和勇气，换来了贝壳世界的一颗明珠，这颗明珠与贝壳们的命运息息相关；然而不幸的是，本季一开始，这颗明珠就被本季的大反派——八爪海怪给弄碎了，贝壳们也都因此陷入了沉睡……善良勇敢的小泡泡们在海底美丽光束的指引下找到了珍珠的创造者——海底精灵，并从精灵们的口中了解到了唤醒贝壳们的方法：那就是集藏在五大洋中的红宝石珍珠、翡翠珍珠、玛瑙珍珠、紫晶海珍珠和蓝宝石珍珠这五颗源珠，用这五颗源珠重塑光明之珠和黑暗之珠，从而唤醒沉睡的贝壳们。可是大反派八爪海怪的阻挠，加上每个大洋特有的未知危险环境，让寻找任何一颗珍珠都变得无比艰难。但是小泡泡们和小精灵们并没有因此退缩，她们迎难而上、积极想办法克服困难，开动脑筋、团结一致，每次都能把愚蠢的八爪海怪打得落花流水。最终在大家的共同努力下，她们集齐五颗源珠，重塑了光明之珠和黑暗之珠，唤醒了小贝壳们，并与小贝壳们一起拯救了整个海洋世界。